A aceleração do crescimento dos movimentos pendulares casa-trabalho e casa-escola, bem como as filas de trânsito constantes no acesso à Ponte, conduziram à introdução, em junho de 1999, do comboio na Ponte, tal como inicialmente projetado.

A ferrovia regista uma afluência de cerca de 174 comboios/dia e a rodovia mais de 150 000 veículos/dia.

No ranking das pontes rodoferroviárias relativamente ao maior vão suspenso, a Ponte 25 de Abril ocupa a 1.ª posição na Europa e a 3.ª no Mundo.